水耕栽培はそこそこ順調？

エアーポンプタイプで育てているトマトと唐辛子ですが
唐辛子は元気がかなり良く、ペットボトルで育てているものよりもいいようです。
ミニトマトはあんまり元気が無いですね。
なんかコツでもあるのでしょうか？
根っこがあまりのびていないんですよね。
そのため、蓋なんかをきっちりできないので、藻が発生しちゃう状況です。
ミニトマトは時期はずれなのか日射量が不足しているのかという状況です。
だれか詳しい方、コツを教えて下さい。